En 2012, el Departamento de Auditoría no realizó auditoría interna alguna. No obstante, se atendieron dos auditorías externas, realizadas por el Órgano Superior de Fiscalización del Estado (OSFE) y el Despacho Vélez Téllez, contratado por la Secretaría de Contraloría (SECOTAB). Cabe aclarar que éstas fueron atendidas por un despacho externo contratado a la vez por el ISSET para su atención y solventación de las observaciones señaladas. Además, se efectuaron 9 revisiones, que incluyeron 663 solicitudes de expedientes de jubilados y pensionados.

Durante 2013, se atendieron 4 auditorías realizadas por órganos externos de control: 2 efectuadas por el OSFE y 2 por la SECOTAB. Asimismo, se practicaron 2 auditorías internas, una integral a la Dirección de Prestaciones Médicas y otra al Seguimiento a observaciones derivadas de auditorías internas y externas.

BIANUAL 2013-2014 20 Departamento de Auditoría y Gestión Médica, específicamente a la subrogación de servicios médicos y de auxiliares de diagnóstico, medicamentos y tratamientos. De igual manera, se realizaron 3 arqueos de fondo revolvente, 5 asesorías en materia de control interno, 72 revisiones a 1 mil, 979 expedientes de jubilados y pensionados, devolución de aportaciones, pago de seguros de vida y de retiro, y de solicitudes de préstamos a corto plazo. En 2014, se han practicado 4 auditorías internas: La primera al Departamento de Servicios Subrogados de la Dirección de Prestaciones Médicas; la segunda, al Departamento de Recursos Financieros de la Dirección de Finanzas; la tercera al Departamento de Adquisiciones de la Dirección de Administración y la última al Departamento de Servicios Funerarios de la Dirección de Prestaciones Socioeconómicas, la cual está en fase de desarrollo. Además, se han efectuado 9 arqueos de fondos fijos; 12 asesorías en materia normativa; 11 revisiones a 2 mil, 160 expedientes de jubilados y pensionados, devolución de aportaciones, pago de seguros de vida y de retiro, expedientes todos generados hasta el 31 de marzo de 2014.